红鳍东方鲀的染色体遗传情报的规格大约为4亿盐基对，相当于人类的1/8。属于脊椎动物中最小的，并且紧密地包含了脊椎动物中普遍存在的遗传基因情报。以此为由，以红鳍东方鲀为全体脊椎动物的典型，推进对其全部染色体遗传情报的解析。最近，此解析已几乎接近于完成。

红鳍东方鲀是一种最高级的鱼类。由于野生鱼的极端减少，而几乎所有的产量依存于养殖。近年来，中国的红鳍东方鲀养殖业日趋繁盛。但是，要养殖出能够投向市场的规格的鱼，往往需要很长的养殖时间；并且由于各种鱼病的发生也会带来相当大的损失。诸如此类产业上的重大问题日趋表面化。在本研究中，以红鳍东方鲀的全部染色体遗传情报数据为基础，并活用其染色体遗传情报规格小的特点，探索红鳍东方鲀的优良形质遗传基因，并将其成果效率化地利用与种苗培育为目的。

也就是说，迄今为止，几乎所有的水产养殖鱼贝类中均未进行有效的新品种培育及选种。并且，即便是在为数不多的选种培育中，也是偶然地挑中了生长良好的种群，或对特定的感染症具有抗病性的种群，并将此沿用至今。由此，对于维持沿用至今的被选出的种群中，虽然包含有有利于养殖的优良遗传基因，但由于其大多数是为复数的种群混杂存在，所以考虑其优良遗传基因并未确确实实地传给下一代。再者，既往的产业有用品种的筛选、培育过程中，对第一代优良品种的挑选往往最快也要2-3年，优良品种的确立更需要很长的时间。在本研究中，对于水产业对象品种的红鳍东方鲀，首先通过对红鳍东方鲀的遗传基因对的量的解析，优良种群的筛选，解析遗传基因的机能，确定与优良形质相关的遗传基因。其上，以将确定的单体或复数的遗传基因，即与高成长、抗病性、肉质良好等相关的遗传基因为标的，实施于挑选育种之中，这属于一种前所未有的革新性的举措。并且，通过本研究所确立的技术基础，不但适用于红鳍东方鲀的养殖，而且也广泛适用于各类水产鱼贝类。与安定有效的鱼贝类生产，甚至于水产业的发展也是紧密相关的。

トラフグTakifugu rubripesのゲノムサイズは約4億塩基対とヒトの1/8程度、脊椎動物では最も小さいながら、脊椎動物に普遍的な遺伝子情報をもれなくコンパクトに含むと考えられている。このような理由からトラフグは脊椎動物のモデルとして全ゲノム解析が進められ、最近その解析がほぼ終了した。

　トラフグは最高級魚の一つであるが、近年、天然魚の極端な減少から生産高のほとんどは養殖に依存している。最近では中国でも養殖が盛んに行われてきている。しかしながら、市場サイズに成長するまで時間がかかる、各種の病気が発生して多大な被害をもたらす、など産業上大きな問題が顕在化してきた。本研究は、トラフグ全ゲノムデータベースとそのゲノムサイズが小さい利点を活用してトラフグの優良形質遺伝子を探索し、その成果を効率的な育種へ利用することを目的とする。

　すなわち、これまではほとんどの水産養殖魚介類においては新品種の作出や選抜は有効に行われてこなかった。また、いままで行われてきた数少ない選抜育種においても、偶然的に成長が良い集団や特定の感染症に対して耐病性を示した集団を選抜し維持してきたものである。したがった、現在、維持されている選抜集団については養殖に有利な優良遺伝子を含むものの、多くは複数の集団が混在したもので、優良遺伝子が確実に次世代に伝わるものではないと考えられる。さらに、従来の産業有用種の選抜育種では、早いもでも1世代選抜するのに2〜3年を要し、優良形質魚を確立するためには膨大な年月を必要とする。本研究では、水産対象種のトラフグにつき、まず、全ゲノムデータベースから抽出したマイクロサテライトマーカーによる量的形質解析、マイクロアレイを用いた網羅的大規模遺伝子発現プロファイリングによる優良形質発現家系の選抜、トランスジェニックによる遺伝子機能解析、などを用いて優良形質に関連する遺伝子を特定する。さらに、特定された単独または複数の遺伝子、すなわち高成長、耐病性、良好な肉質などに関連する遺伝子を標的として選抜育種を実施しようとする分子育種であり、これまでには見られない革新的なものである。また、本研究により確立される技術基盤はトラフグ養殖のみではなく、広く産業対象魚介類へ応用できる技術であることから、養殖魚介類の効率的で安定な生産へと繋がり、水産業の発展につながるものである。